Die Naturfreundejugend ist ein Verband, der über mehrere Ebenen aufgebaut ist. Im Unterschied zu vielen anderen gemeinnützigen Organisationen ist die Naturfreundejugend nicht top down, sondern bottom up organisiert, d.h. von unten nach oben.
Die Basis des Verbandes stellen die Mitglieder und Ortsgruppen dar. Über diesen gibt es drei weitere Ebenen (die Landesebene, die Bundesebene und die internationale Ebene), die sich jeweils als Vertretungsorgane der jeweils kleineren Ebenen verstehen, für deren Interessen eintreten und durch demokratisch gewählte Vertreter*innen repräsentiert werden. Die Mitglieder bzw. Ortsgruppen sind es, die die Arbeit dieser organisatorisch höheren Ebenen maßgeblich inhaltlich und personell beeinflussen und gestalten.
